آثار رسیده به دبیرخانه جایزه مصطفی(ص) در دو مرحله ارزیابی و داوری می‌شوند.
در مرحله اول کمیته‌های داوری مقدماتی مدارک و صلاحیت آثار را از نظر ویژگی‌های عمومی بررسی کرده و آثار دارای صلاحیت را به مرحله بعدی داوری می‌فرستند. مطابق ضوابط، آثاری که پیش از این برنده حداقل یک جایزه معتبر علمی در سطح جهان شده باشند، به مرحله بعد راه نمی‌یابند. همچنین آثاری که به‌صورت شخصی و خارج از مسیر صحیح نامزدی توسط نهادهای نامزد کننده ارائه شوند در این مرحله پذیرفته نمی‌شوند.
در مرحله نهایی، در هر یک از حوزه‌های جایزه، یک گروه داوری هفت‌نفره از محققان و دانشمندان برجسته بین‌المللی، آثار نهایی را داوری و اثر برگزیده را انتخاب می‌کنند.