دانش و فهم ما از ساختارهای بنیادین شکل‌دهنده حیات بر روی زمین در طی نیم‌قرن گذشته تغییر بسیاری کرده و رشته‌های مختلف علوم زیستی همچون ژنتیک، زیست‌شناسی مولکولی، علوم اعصاب و نظایر آن باعث پیشرفت در درک و فهم ما از نحوه کارکرد سامانه‌های زنده شده است.
این دانش و آگاهی در حد دانسته‌های نظری یا محدود به جهان علم باقی نمانده و در پزشکی و فناوری‌های زیستی با ارائه نتایج و کاربردهای ملموس بر سلامت و آسایش انسان تأثیر فراوانی گذاشته است.
جایزه مصطفی به یک اثر برتر در رشته‌ها و حوزه‌های مرتبط با علم و فناوری زیستی و پزشکی اهدا می‌شود که تأثیر ماندگاری از خود در درک حیات یا بهبود کیفیت زندگی بشر بر جای نهاده باشد.