محققان مسلمان بسیاری در گوشه و کنار جهان با نوآوری‌ها و یافته‌های خود به پیشرفت علم و فناوری کمک می‌کنند و بر بهبود کیفیت زندگی بشر تأثیر می‌گذارند. شناسایی این محققان و برقراری ارتباط مؤثر با آن‌ها باعث توسعه روابط علمی محققان مسلمان با یکدیگر و با مراکز معتبر علمی در جهان و پیشرفت بیشتر دانش در جهان خواهد شد. همچنین معرفی این دانشمندان و تقدیر از نقش آن‌ها در پیشبرد دانش و فناوری، الگوی مناسبی برای سایر محققان در سراسر جهان خواهد ساخت.
به همین منظور جایزه مصطفی به اثر برتر در زمینه های علوم پایه، علوم پزشکی، علوم دامپزشکی، علوم کشاورزی، علوم مهندسی و علوم شناختی و از علوم انسانی زمینه اقتصاد و بانکداری اسلامی به محققان و دانشمندان مسلمان سراسر جهان اعطا می‌شود که نقش قابل‌توجهی در زندگی بشری داشته یا مرزهای دانش و فهم ما از جهان اطرافمان را گسترده‌تر کرده باشد.